然而，2008年9月国家发改委发布《关于加强煤制油项目管理有关问题的通知》，要求除神华鄂尔多斯(600295行情,爱股,主力动向)项目和神华宁煤―沙索宁夏项目外，一律停止实施其他煤制油项目。2008年10月发展改革委能源研究所所长周大地表示，煤化工问题是整个能源架构的问题。煤制油、煤制甲醇等的发展应慎重分析，不能盲目上项目，目前已经发展过多。他还指出，由于中国自身的煤炭资源也面临紧缺的威胁，而在煤制油、煤制甲醇生产过程中，能源经过多次转换必将在中间环节出现更大的损耗，因此并不划算。短短几个月，中国政府对煤制清洁能源的支持力度明显减弱，对煤制清洁能源的项目持相当谨慎的态度。

　　2008年11月5～6日在北京召开的“第四届中国国际煤化工及煤转化高新技术研讨会”上，工业和信息化部产业政策司副司长侯世国分析了中国煤化工产业面临的一系列问题，如结构不合理，中小企业较多而大型现代化高技术的企业较少；布点太多，煤化工项目争相上马，产业结构雷同；产品附加值较低，后续应用技术没有跟上等。同时由于了解到煤制甲醇、二甲醚等行业的产能已经大于需求，后续应用技术尚未完善，所以中国政府制定了更高的行业准入标准和淘汰落后产能的政策。对于煤制油产业的发展，侯世国认为目前存在生产装置投资巨大，技术可靠性未得到验证、缺乏成功案例，能耗损失大，耗水量大等，因而政府采取严格控制大规模发展的政策措施。

　　此外，侯世国表示，煤化工产业的两个关键政策《煤化工产业发展政策》和《煤化工产业中长期发展规划》已经制定完成，但在征求意见的过程中有一些问题存在争议，尚未达成共识，因而迟迟未能正式发布。《中国醇醚燃料及醇醚清洁汽车发展专题报告(征求意见稿)》2007年10月征求意见就已完成，但至今仍未出台。煤制清洁能源的政策至今徘徊不前，这或许预示着中国将暂缓煤制清洁能源的发展计划。